Obec Šonov je poprvé zmiňována ve druhé polovině 13. století a pravděpodobně byla založena německými kolonisty. V obci stál dřevěný kostelík sv. Jana Evangelisty, jenž je doložen už v roce 1354. V letech 1547 a 1688 byl opravován, ale roku 1775 zcela shořel. Na jeho místě dnes stojí kaple Panny Marie Růžencové.

Kostel svaté Markéty stojí jakoby podivně zády ke vsi, zády k téměř již rozpadlé budově fary. Ovšem průčelím je natočen směrem k Broumovskému klášteru, který je od něj vidět. Samotné základy nejsou situovány přímo až na temeno stráně, stoupající nad Šonov, takže díky horizontu není vidět prudký sráz ke Stěnavě pod budovou kláštera v Broumově. Kdysi tudy vedla stará cesta do Broumova a příchozí byl přímou linií nasměrován k průčelí a vchodu do kostela. Takže cesta z benediktinského kláštera končí v podélné ose chrámové lodi. Stavba tak ukončuje jakousi „Osu víry“ svou dominancí nad okolím. Z těchto hledisek je možné považovat usazení kostela se symbolikou vnímatelnou až na daném místě, za zralý příklad barokní urbanistiky.

´Při pohledu na průčelní stranu, se jakoby otvírá náruč vstupu, protože dvě výrazné boční zvonice jsou umístěny šikmo k podélné ose budovy. Evokuje to pocit laskavě rozevřené náruče, vítající poutníky. Je to jediný kostel v celé skupině Dientzenhoferov­ských kostelů na Broumovsku, který má dvě výrazné věže zvonice.

Stavba samotná byla započata v roce 1726 a podle všeho dokončena o čtyři roky později, v roce 1730. Půdorysně je kostel postaven na prostoru velmi protáhlého osmiúhelníku. Tři krátké průčelní strany jsou využity pro hranolovité zvonice, zakončené cibulovitou kopulí a mezi nimi široce rozklenutý vstupní blok.

Na druhé straně jsou dvě sakristie a střed vnitřního prostoru zaujímá kněžiště. Vertikálně je kostel členěn zmíněnými zvonicemi, které svou výškou tolik nedominují, jako např. u kostela ve Vižňově, ale vertikálu určují především svým objemem. Po jejich stranách jsou lezény a stejné schema se opakuje i v zadní části stavby, v apsidě. Horizontální směr je lehce načrtnut typickou bohatou římsou, která ač je sama o sobě velmi robustní, působí, v kombinaci s věžemi zvonice, velice křehce a jemně. Vystupuje ze stěny jakoby sama od sebe a svou tvárností modeluje přechod svislých stěn, do šikmých ploch střechy.

V roce 1916 byly rekvírovány 3 ze 4 zvonů, v roce 1927 byly pořízeny zvony nové. Ty byly opět zabaveny, až na jeden, v Druhé světové válce. Poslední zvon byl v devadesátých letech převezen na věž klášterního kostela v Broumově. Stavba je považována za nejvýznamnější z celé Broumovské skupiny kostelů.

Mnohými je pro své řešení, ať už architektonické, či urbanistické, považována za absolutní vrcholné dílo baroka v Čechách. Její schema tvoří precedent pro mnohé další stavby realizované v pozdějších desetiletích Kiliánem Ignácem Dientzenhoferem. V jedné ze studií pro kostel svatého Martina ve Chválenicích u Plzně je přítomno téma dvou postranních zvonic. O přímé inspiraci (nebo dokonce o plagiátorství své vlastní práce) nemůže být pochyb.

Bohužel i přes svou historickou cenu, je dnes kostel ve špatném stavu, na několika místech je opadaná fasáda, vnitřek kostela byl doslova vyrabován a uvnitř se nezachovalo téměř nic.

Bohoslužby se zde již několik let nekonají a podle toho vypadá i přístupová cesta ze vsi, jenž je udržována snad jen díky značené turistické trase. Pod kostelem stojí barokní budova fary, která musela ve své době doplňovat celý barokní komplex v Šonově. Pokud se stav kostela dá nazvat jako špatný, potom budova fary je v totálně dezolátním stavu. Veškeré statické funkce jsou narušeny, střecha je propadlá a společně s neudržovaným okolím připomíná budova ruinu. Spíš než aby dotvářela barokní ráz vsi, tak celý prostor, kousek vedle udržované novogotické kaple, svým dezolátním stavem hyzdí.

Přesto je kostel svaté Markéty v Šonově právem považován za zářící perlu ve skupině Broumovských kostelů a celého barokního stavitelství v Čechách vůbec.